Кораблик плавает правильно на автопилоте и на ручном режиме, но задний ход быстрее чем передний. Что сделать, чтобы вперед плыл быстрее.

Ответ: Поменяйте местами любые два провода идущие от регулятора к мотору. Затем зайдите в веб панель управления закладка СЕРВО и измените значение поля Реверс на противоположное стоящему (для Мотора).

Кораблик плывет задним ходом на автопилоте, в ручном режиме плавает нормально

Ответ: В пульте установлен РЕВЕРС для третьего канала в пульте. Установка реверсов в пульте не допускается отключите ВСЕ реверсы в пульте (в пультах FlySKY это кнопка ОК (долго)->Гаечный ключ->Reverse)

Кораблик в ручном режиме плавает нормально поворачивает соответственно джойстика, но на автопилоте виляет поворачивает в разные стороны и ведет себя не адекватно. На круиз контроле не держит курс и поворачивает сразу в сторону. Я уже проверил, в пульте реверсы не установлены.

Ответ: Компас установлен не правильно. Скорее всего перевернут. Если компас точно установлен правильно возможно он работает не правильно и требует замены.

Автопилот не запускается, заметил, что при выключении регулятора автопилот запускается нормально

Ответ: Прочитайте здесь более подробную информацию. Серва подключенная к порту ОДИН не дает запуститься автопилоту как только на нее подается напряжение с регулятора. Запуск проходит нормально потому что при подключении регулятора, он запитывает серву, которая дает + на контакт данных порта 1. Переключите серву в другой порт или поставьте серву которая не подтягивает контакт данных к плюсу. Это особенность только первого порта.

Как включить реверс бункера, при закрывании бункера от открывается, а при открывании закрывается.

Понятия Реверса в бункерах не существует. Есть только положения открытого и положение закрытого бункера. Это значения от 0 до 180. Просто поменяйте значения местами в админке для нужного бункера. Хоть в автопилоте реализовано отключение питания серв во время бездействия, имеет смысл в точной подстройке этих углов, чтобы серва при закрытии и открытии не упиралась.

На круиз контроле кораблик не держит курс. На автопилоте тоже плывет и не поворачивает

Загляните в веб-админку. Нули в параметрах ПИД для круиз-контроля и автопилота НУЛЕВЫЕ или очень маленькие. Внесите не нулевые значения как минимум в поля «П» — пропорциональный.